Warna-warna merah, putih, kuning dan biru mencerminkan warna-warna yang terdapat pada Bendera Persekutuan (Jalur Gemilang) dan menunjukkan bahawa Melaka ialah sebuah negeri dalam Persekutuan, sementara anak bulan sabit dan bintang pecah lima itu pula ialah tanda agama Islam, agama negeri dan juga negara.

Suatu panji merah berekor dua dengan suatu bulan sabit berwarna hitam pernah digambarkan mewakili Kesultanan Melaka (dieja sebagai Malaqua) dalam peta Planisfera Cantino bertarikh tahun 1502.[1][2]